У 1834 р. на базі трирічного педагогічного інституту при Київському університеті Св.Володимира розпочалася підготовка вчителів природознавства і географії для гімназій та повітових училищ. Пізніше, з 1859 р., в університеті на 2-річних педагогічних курсах почали готувати вчителів природознавства та географії для реальних училищ.
У 1870 р. товариство природодослідників м. Києва організувало Вищі курси з природничих наук, які згодом були перетворені у Вищі жіночі курси, де готували вчителів природознавства та географії для жіночих гімназій. Одночасно Південне географічне товариство створює географічний інститут, який готує вчителів географії та порівняльного народознавства. Згодом учителів природознавства і географії для вищих початкових і міських училищ готував учительський інститут.
У 1920 році вищезгадані навчальні заклади було реорганізовано у Київський інститут народної освіти (КІНО) імені М.П.Драгоманова, у складі якого було два факультети: шкільний і дошкільний. Шкільний факультет мав два відділення: гуманітарне і природниче.
З 1933 року в інституті відкрито хімічний, біологічний і географічний відділи, згодом реорганізовані у біологохімічний й географічний факультети, на яких працювали видатні вчені — професори О.Г.Соколовський, О.М.Русько, А.А.Жавжаров, О.Т.Діброва, В.С.Медина, М.М.Прахов.
У 1971 р. підготовку вчителів біології, хімії та географії розпочав педагогічний факультет. В його складі було створено кафедру природничих дисциплін, яку очолив професор Ф.Л.Лесик.
У 1972 р. на базі кафедри природничих дисциплін створено природничо-географічний факультет. За період існування його деканами працювали: професори С.І.Івченко, Ю.П.Ґудзь, Б.К.Гришко-Богменко. У1980 року Гончар Аксентій Денисович був обраний доцентом кафедри ботаніки, яку згодом очолив. А, вже, 1982 року він створив кафедру методики викладання природничо-географічних дисциплін та охорони природи, яку очолював понад 10 років. В цей час йому було присвоєно звання професора.
З 1999 по 2018 рр. факультет очолював професор В.П.Покась.
Розвиток факультету пов'язаний із створенням нових кафедр і формуванням професорсько-викладацького колективу. У квітні 2004 р. природничо-географічний факультет було реорганізовано в Інститут природничо-географічної освіти та екології. На той час до складу інституту, крім одинадцяти кафедр, увійшли такі підрозділи: агробіостанція "Татарка"; навчально-оздоровчі бази "Берізка" і "Сула".
У січні 2016 року Інститут було переформовано у Факультет природничо-географічної освіти та екології.
З 2018 р. факультет очолює декан к.п.н., доцент Турчинова Г.В.
Відповідно до розпорядження Кабінету Міністрів України від 27 серпня 2022 року № 758-р «Деякі питання утворення та реорганізації закладу вищої освіти», наказу Міністерства освіти і науки України від 25 жовтня 2022 року № 949 «Про деякі питання утворення та реорганізації закладу вищої освіти» Національний педагогічний університет імені М. П. Драгоманова реорганізовано шляхом приєднання до Українського державного університету імені Михайла Драгоманова.
Факультет природничо-географічної освіти та екології переформатовано у Природничий факультет.
У складі факультету сім кафедр. Станом на 2022-2023 навчальний рік на факультеті працюють 42 викладача. З них: 40 - штатних; 8 - докторів наук, професорів, з них 6 - штатні та 2 - сумісники; 31- кандидатів наук, доцентів; 3 - без наукового ступеня. Загальна кількість представників вищої кваліфікації 39 осіб ( 93%). 4 викладачі факультету мають звання "Заслуженого працівника освіти України". Середній вік викладачів - 52 роки.
На факультеті різний рівень вищої освіти здобувають 501 студент, з них: 358 — денної форми навчання, 143 — заочної. На факультеті функціонують магістратура і аспірантура.
Випускники нашого факультету забезпечують навчально-виховний процес у загальноосвітніх та вищих навчальних закладах, працюють у науково-дослідних установах НАН та АПН України.
На кафедрах факультету працюють студентські гуртки. Кожного року студенти факультету мають значні досягнення у Всеукраїнських студентських олімпіадах та конкурсах наукових студентських робіт. Викладачі та студенти беруть активну участь в організації і проведенні наукових конференцій і семінарів міжнародного та всеукраїнського рівнів.
На факультеті значну увагу приділяєть проведенню літніх навчальних практик, які студенти проходять на базі науково-оздоровчої бази НПП "Синевір" (с. Колочава Закарпатської області), на природних і промислових об'єктах (м. Київ), у Прикарпатті, Буковині та Закарпатті.